D
分析：分子和原子不能比較大小，有的物質是由分子構成，有的物質是由原子構成，它們都能構成宏觀物質，由原子直接構成的物質，保持物質化學性質的最小粒子就是原子了．
解答：A、分子和分子的大小不同，原子和原子的大小也不同，所以分子和原子的大小不同，不能作為它們的本質區別；
B、金屬、稀有氣體等都是由原子直接構成的，水、二氧化碳、氧氣等都是由分子構成的，所以它們都能直接構成宏觀物質；
C、分子是保持物質化學性質的最小粒子，這是對于由分子構成的物質而言的，由原子構成的物質，保持物質化學性質的最小粒子就是原子了．
D、分子在化學反應中先分成原子，原子再重新組合成新的分子，所以說在化學反應中分子可分，原子不能再分．
故選D
點評：分子和原子都是構成物質的基本微粒，分子是保持物質化學性質的最小粒子，原子是化學變化中的最小粒子．
