分析：將四個選項分別代入y=3x，使等式成立者即為正確答案．
解答：解：A、將（-2，6）代入y=3x得，左邊=6，右邊=3×（-2）=-6，左邊≠右邊，故本選項錯誤；
B、將（3，-9）代入y=3x得，左邊=-9，右邊=3×3=9，左邊≠右邊，故本選項錯誤；
C、將（1，-3）代入y=3x得，左邊=-3，右邊=3×1=3，左邊≠右邊，故本選項錯誤；
D、將（-1，-3）代入y=3x得，左邊=-3，右邊=3×（-1）=-3，左邊=右邊，故本選項正確．
故選D．
點評：此題考查了二次函數圖象上點的坐標特征，代入解析式驗證是解答此類題目常用的方法．
