分析:根據分子、原子都是構成物質的微粒及分子、原子的性質來分析解答.
解答:解:A、物質不都是由分子構成的,如鐵是由原子直接構成的,故A錯誤;
B、因化學反應是原子重新結合的過程,則原子時化學變化中的最小微粒,故B正確;
C、同種原子構成的物質不一定是單質,如金剛石和石墨的混合物中只有一種原子,故B錯誤;
D、同種原子中的核電荷數一定相等,但不一定等于中子數,如13C中核電荷數為6,中子數為7,故D錯誤;
故選B.
點評:本題考查原子、分子的性質及物質的構成微粒,學生應注意利用常見的例子來判斷選項的正誤.